祁连山一直是我国西部重要生态安全屏障，是黄河流域重要水源产流地，也是我国生物多样性保护优先区域。甘肃省祁连山水涵院通过加强祁连山生态保护与修复、湿地生态系统保护与修复、生物多样性及林木种质资源管理及珍稀良种等为研究方向开展科研创新的同时，还注重开展以河西祁连山内陆河流域生态保护为主体，辐射现代农业、生态产业、高效牧业等领域的引智交流和国际科技合作，为祁连山及干旱半干旱区生态保护提供智力支持。

该院有着多年的引智交流及国际科技合作经验。近年来，先后承担国家、省级科技（外专）和人才项目近百余项，积极引进国外智力，聘请客座研究员或顾问，先后有来自澳大利亚、德国、俄罗斯、以色列、瑞典、日本等国外专家60余人来院开展科研、考察和学术交流，承办“山地水源涵养区退化生态治理关键技术研究高级研修班”等国家及省级研讨会多次，为有效地解决祁连山生态环境相关方面的技术难题，推动祁连山水源林可持续经营及发展提供智力支持。

“十三五”期间，研究院立足地域优势和资源优势，把握国际国内学科研究前沿，通过引进国外智力和先进技术，开展祁连山水源林水文生态功能和森林植被与水资源、流域生态环境功能区划、生态环境现状分析、水源涵养林的演替、结构与功能、水量平衡和效益评估等研究，为西北干旱半干旱区山地森林水文学理论、干旱地区水资源的科学管理、节水型农林业的建立和发展、水源涵养林的经营和决策提供科学依据，为推进河西走廊乃至西北干旱半干旱区生态工程建设发挥了积极作用。