根据农业部农科教发[2011]3号文件《关于印发现代农业产业技术体系建设依托单位和岗位聘用人员名单（2011—2015年）的通知》，甘南州畜牧科学研究所被选为国家肉牛牦牛产业技术体系甘南综合试验站建设依托单位，是甘南州唯一一个进入国家现代农业产业技术体系的依托单位。
    国家现代农业产业技术体系是按照优势农产品区域布局规划，依托具有创新优势的中央和地方科研资源，针对每一个大宗农产品设立一个国家产业技术研发中心（由若干功能研究室组成），并在主产区建立若干个国家产业技术综合试验站。主要职能是围绕产业发展需求，进行共性技术和关键技术研究、集成和示范；收集、分析农产品的产业及其技术发展动态与信息，为政府决策提供咨询，向社会提供信息服务，为用户开展技术示范和技术服务，为产业发展提供全面系统的技术支撑；推进产学研结合，提升农业区域创新能力，增强我国农业竞争力。在管理机制上，通过设立管理咨询委员会、执行专家组和监督评估委员会等，确保决策、执行和监督三个层面权责明晰、相互制约、相互协作。调整和完善优势农产品区域布局规划，明确以产业需求为导向的建设现代农业产业技术体系的基本思路。
    2011年，根据“十二五”体系岗位设置规范和综合试验站布局规划，按照遴选条件、遴选程序，经公示，国家现代农业产业技术体系确定了50个产业技术研发中心、233个功能研究室和1144个综合试验站，聘请了50名首席科学家、1051名岗位科学家和1144名站长。
    国家肉牛牦牛产业技术体系是现代农业产业技术体系的成员之一，由1个国家肉牛产业技术研发中心、6个功能研究室、34个综合试验站构成。肉牛牦牛产业技术体系的主要任务是：1.研发、整合技术直接示范解决当前制约肉牛产业发展的主要技术问题；2.预测今后肉牛产业的技术需求方向进行针对性技术研发和储备；3.调查、跟踪、积累国内外肉牛研究、生产和经营领域各项基础数据和信息提供公益性服务；4.发现、查证危害肉牛产业发展的内在、外在、潜在因素，提供应激性、缓释性技术解决方案和措施；5.培育更高水平的肉牛专门技术与经营人才队伍。
    体系共有四大板块的工作，即“重点任务、基础性工作、前瞻性研究、应急任务”。综合试验站的主要工作是：
    重点任务：与功能研究室和岗位专家协同合作，完成体系重点任务和功能研究室重点任务。
    前瞻性研究：承担岗位专家的前瞻性研究中综合试验站力所能及的部分任务。
    基础性工作：上报产业信息，包括饲料原料（10种以上）价格、牛肉（含副产品）价格、活牛价格、疫病情况等等。
    应急任务：调研肉牛产业动态信息和突发性生产问题，提出切实可行的应急技术方案和措施。完成农业部和肉牛体系交办的临时性任务。